No obstante los peligros de asonadas en el resto del país, las elecciones federales se realizaron en dos jornadas: las primarias fueron el 26 de junio de 1916 y las secundarias el 10 de julio de 1916, con el ala carrancista presionando bajo los dictados de la oligarquía del norte de México.

En esos comicios se buscaba los siguientes cargos de elección popular: 

Presidente de México, Jefe de Estado y de Gobierno, para un periodo deseis años, sin posibilidad de reelección inmediata y para cubrir el periodo 1916-1920. 

El candidato electo fue Álvaro Obregón, mientras que el Vicepresidente Sustituto Constitucional del Presidente, electo para su mismo periodo, fue otro sonorense: fue Plutarco Elías Calles. Aunque después Obregón dio marcha atrás y decidió reelegirse por un periodo de seis años más, lo que lo llevo a la muerte.

En 1915 se había convocado a nuevas elecciones para los cargos de presidente y presidente. Ese año, había demasiadas tensiones políticas, el Partido Demócrata Socialista Revolucionario, que recientemente se había recreado en marzo de 1915 era un peligro tangible, cuando aun se encontraba en ascenso; mientras que el Partido Comunista Mexicano y el Partido Nacional Antireeleccionista se disputaban la mayoría de los votos.

En este panorama, al iniciar 1916, México se dividió en tres grupos, estos eran los que apoyaban al Partido Antireeleccionista, los que apoyaban al Comunista y los que apoyaban al Demócrata Socialista Revolucionario. 

Unos meses después, las tres principales fuerzas políticas registraron sus respectivos candidatos. El Partido Nacional Antireeleccionista registro a la formula Álvaro Obregón-Plutarco Alías Calles; el Comunista Mexicano a Emiliano Zapata-Pancho Villa, y el Partido Demócrata Socialista Revolucionario a Venustiano Carranza-Pascual Orozco.

En las dos jornadas electorales se presentaron a las urnas 30,100 ciudadanos, quienes votaron por los siguientes candidatos y en el siguiente orden final:

Partido Nacional Anti reeleccionista: Álvaro Obregón, con 10,602 votos

Partido Comunista Mexicano: Emiliano Zapata, 10,035 votos

Partido Demócrata Socialista Revolucionario: Venustiano Carranza, 9,363 votos

Partido Nacional Antireeleccionista: Plutarco Elías Calles, 10,368 votos

Partido Comunista Mexicano: Francisco Villa, 10,278 votos

Partido Demócrata Socialista Revolucionario: Pascual Orozco, 9,951 votos 

Sin embargo, esto no cambió en lo fundamental las tensiones políticas de México, pues vendría un baño de sangre, donde se verían victimados, primero Emiliano Zapata, después Venustiano Carranza, luego Francisco Villa y cuando se reeligió Álvaro Obregón, 17 de julio de 1928.